2029 год. Благодаря значительным достижениям в кибернетике люди могут заменять свои конечности роботизированными частями. Майор Мотоко Кусанаги из 9-го отдела службы безопасности ведёт расследование, связанное с таинственным хакером, который называет себя Кукловод.
Юри и Кэй должны разгадать тайну потерпевшего крушение рейса 005
Рё Саэба — своеобразный «чистильщик», который стремится очистить Токио от преступности.
Спустя 31 год после Третьей мировой войны и ядерной бомбардировки столицы Японии, воссоздан новый город - Нью-Токио. Внешне все под контролем, однако страна теперь напоминает профашистское государство, жесточайшим образом подавляющее попытки мятежа. В исследовательских центрах проводятся парапсихологические опыты над людьми для разработки совершенного вида оружия. Военные в лице полковника Сикисимы, руководителя проекта биологических военных экспериментов, входят в конфликт с правительством. А
Маленькая девочка, которая никогда не расстаётся с загадочным яйцом, живёт в неком сюрреалистическом мире тьмы и теней, где она проводит время, собирая различные сосуды и артефакты. Однажды в город прибывает мужчина с оружием в форме креста.
После смерти родителей маленькая Хайди попадает на воспитание к тёте Дет, которая заботилась о ней до пятилетнего возраста. Но сейчас тётя нашла работу во Франкфурте, и девочка начинает мешать ей обустраивать собственную жизнь. Тётя отвозит Хайди жить в Альпийские горы к дедушке, суровому и сварливому, но неплохому старику. Через некоторое время её снова забирают и отдают в богатый дом, где она должна быть компаньонкой больной девочке Кларе, прикованной к инвалидному креслу.